Музей расположен в бывшем немецком подземном бункере, построенном в начале 1945 года. Он служил бомбоубежищем для размещенного здесь штаба немецкого главнокомандования. Длина сооружения — 42 метра, ширина — 15 метров, расположено на глубине 7 метров. В нем имеется 21 помещение. Убежище было электрифицировано, оборудовано системой водоснабжения, канализации, подачи свежего воздуха и связи.

Музей в бункере был открыт в 1968 году. Основная часть экспозиции посвящена штурму Кенигсберга войсками Красной армии с 6 по 9 апреля 1945 года. Сегодня здесь можно увидеть пять диорам города-крепости периода активных боевых действий. В нескольких помещениях восстановлена обстановка немецкого штаба накануне капитуляции.

Вечером 9 апреля 1945 года, когда бои продолжались только в центре Кенигсберга, в бункер к коменданту немецкого гарнизона генералу Отто Ляшу советское командование направило парламентеров. Здесь и произошла сдача в плен всего немецкого штаба вместе с военным комендантом.

Посетители музея имеют возможность узнать, как развивались события штурма, как был устроен немецкий военный штаб (бункер) и что пришлось пережить советским парламентерам.